《光之心》的故事开始于一天，男主人公里克在温达里亚岛海岸发现了一个名叫惠叶的神秘女孩。后来，她发现自己的记忆和情绪已经丧失，通过与岛上居民的精神交流，慧叶逐渐恢复了自己的情绪。与此同时，和平的温达利亚岛吸引了大量海盗，他们试图带走辉夜脖子上佩戴的灵石。为了帮助辉夜找回自己的记忆和情感，并恢复温达利亚的平静，里克（Rick）也因为某种原因漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包店工作和生活，他决定与在面包店工作的三位女主人公莱里斯（Leiris）、艾阿里（Aiari）和阿米鲁（Amilu）一起踏上冒险之旅。