《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起,以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物,红世之徒,戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说,故事会对第一季的一些伏笔作出解释,并加入不少这个时代的小故事。
很久以前,在无人居住的山区,建立了最新的人类研究中心。有一天,用于研究的主计算机突然意识到了这一点,并勃然大怒。人类不知疲倦地工作以防止暴乱并恢复和平。。。
其后,叶加濑将Z-Cune葵外型的手办变身器交给三名持有“妄想力”的男女,让他们组成非公认战队秋叶原连者,阻止邪团法人密商乙的阴谋。