为了防止犯罪团伙报复他,信义决定匿名并秘密追捕他们,希望能获得解药。有一天,新一的女友Maurilan来到阿里医生家,寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南,然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生,他们一起组织了一支青年侦探队,向罪犯宣战!
新的一年的第二章有了新的面貌。野佐美和木尾在两年后升入了高中。一个新同学和一个陷入禁忌爱情的漂亮女孩,等等,新角色还在继续!两个不知道如何留下来的人偷窥的生活。。。