电影版《新世纪福音战士》的第一部。它分为两部分:“死亡”和“重生”。“死亡篇”是根据动画电视原版第1集至第24集的内容改编的,其中一个总结章节经过了重新编辑。
元军攻打日本之际,中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里,他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战,大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代,四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森,唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。
在一个风雨交加的晚上,一伙神秘的人策马狂奔向下田村的方向,之后这个村子就爆发了一场瘟疫,所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下,甲贺组众忍者前往该村调查,不料路上遇到一个刀枪不入的彪形大汉的袭击,只有忍女阳炎(筱原惠美 配音)在一个男子的帮助下虎口逃生。帮助阳炎的这个人 就是牙神兽兵卫(山寺宏一 配音), 不久之后他中了那个大汉的埋伏,两人一场血斗,最后兽兵卫险胜。这时一个自称是将军手下公义的小老头浊庵(青野武 配音)出现在兽兵卫面前,原来被杀死的大汉是鬼门八人众之一,将军对头的手下,浊庵等公义一直在跟踪他们,但其他公义都被杀了,只有浊庵一直跟踪到这里。浊庵的连哄带骗加诡计,以一百两雇兽兵卫协助他掉查此事,而且据他说鬼门八人众的头是已经被兽兵卫亲手杀死的冰室弦马(乡里大辅 配音),难道死人还能复活?在与鬼门八人众的交手中,阳炎再次出现并且救了兽兵卫,但她说这只是为了报恩。真的是这样吗……