讲述一对女高中生，为了叙述方便，称其为女甲和女乙，两个在女子高中的学生，同性恋了，工作以后又象所有有情人一样，到了一个单位工作，当然也住在一起。
故事发生在一年的战争期间，与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人，基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。
这是一个在壳牌攻击机动队成立前夕鲜为人知、影响深远的故事。2027年6月6日，陆军501秘密部队成员中崎根二（宫城敦实配音）在一条繁忙的街道上被杀。在此之前，他卷入了一起涉及军火销售的贿赂丑闻，无法逃脱。
