Oki医生（石冢云生配音）看到了这种情况，把一只非常顽皮的皮卡丘送给了这个迷路的年轻人，皮卡丘拒绝为精灵球得分。于是，他们两人踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的隔阂逐渐破裂，他们遇到了同伴成子（佐藤杂志配音）和宗慈（Hon Koji配音），并听说了凤凰王的传说。在彩虹羽毛的指引下，任何遇到凤凰王的人都将成为彩虹战士。。。“这部剧场版是《精灵宝可梦》动画系列的第20部电影。这部电影的情节改编自动画系列的第一集《精灵宝宝可梦！这取决于你！”，描绘了高知和皮卡丘开始冒险成为神奇宝贝大师的故事。
在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。 那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市【封印都市】。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。
是时，全副武装的斑马警察倾巢出动，对仍滞留街上的市民展开毫不留情的大屠杀。邪恶的相原公藏（ガダルカナル·タカ 饰）和她的女儿斑马皇后（仲里依紗 饰）统治着这里，在其强大的暴力阴影下，从者众而逆者寡。 某天，专门收容被斑马警察伤害的白马之家迎来了一位不寻常的病人。他就是消失15年之久的市川，但他对从前的事情一概不知。市川的学生晋平（井上正大 饰）和伙伴们悉心照料着他，希望市川早日恢复斑马人的英姿，带人民脱离苦海……
