故事发生在一个充满青春气息的高中校园里。活泼、善良、妄想、心地纯洁的年轻人Uzaki Yukio（松冈正人配音），英俊、轻浮、自恋的Wanren Yoshiya Matsushita（Takuya Educhi配音），随和内敛的S级电影黑泽黑志（Nobunaga Shimasaki配音），沉默寡言、聪明的学术暴君Naoka（Nayama Aohei配音），他们在同一个班级里生活和学习，彼此密不可分，关系非常密切。有一天，夏树在校园里遇到了一个可爱的女孩，名叫小泽川杏奈（藤田奈央配音）。令他惊讶的是，在他最痛苦的圣诞之夜，星奈是安慰他的陌生人。随着时间的推移，夏树和星奈之间逐渐形成了一种朦胧的关系。然而，对两人来说，最大的障碍来自星奈最好的朋友土白茉莉（由Nishiki Nayama配音）。
《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。
