21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。
为了解决此类案件，日本内政部直属单位公安9号，一支不存在的特种部队，在其上尉浅野素子的领导下，对邪恶势力发起了制裁。面对第九届公安，有在高度发达的技术下制造的案件，有权力和政治斗争中的阴谋，还有以笑脸人为代表的针对独立情结的犯罪。故事的第二季发生在笑脸人事件结束后。公安九班面临新的敌人，自称“个人11人”的反政府武装组织开始了一场精心策划的犯罪。其背后的战争难民问题进一步加剧了整个社会的矛盾。面对政府和犯罪分子带来的压力，浅野素子再次带领公安9班采取行动。
叮咚！打开门，我看到一个小男孩站在门口。他递给一盒精致的纸巾作为欢迎礼物，并说：“我是佐藤，刚搬到203室。请好好照顾我。”这是佐藤小太郎，他四岁了，搬到清水公寓独自生活。他每天购物时都会把一把玩具剑别在腰上。
