乐队的主唱克伊害怕坐飞机。他的乐队有机会在韩国首尔演出后,他决定从东京打车去首尔。当他的日本出租车抵达釜山时,当地出租车司机都惊呆了。在一次艰难的旅程中,当他做好准备时,他发现音乐会已经取消,他的同事已经回到了日本。在首尔,他的出租车不见了。
与此同时,来自国外的红发学生明日香(宫村洋子配音)和玲博丽(林惠美配音)一分为二,以姐妹身份出现,给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外,原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型,取代了原作沉重严肃的氛围,描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计,搭配逼真的背景和2D拼接,创造出多样化的绘画风格。
在艾伦和他的同伴居住的帕拉迪岛之外,还有一个其他人类居住的世界。其中一个国家“马雷”爆发了与其他国家的战争。在一场激烈的战斗中,他们决定进攻帕拉迪岛,夺取“祖先巨人”。