以海贼王为目标的少年蒙奇·D·路飞，将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、以及Nico·罗宾加入了新的伙伴，继续航行。这时，在他们身边，巨大的船从天空落下。路飞们避开掉落的船，得救了。在同伴的眼中，瓜生新吾（水岛大宙 配音）是一个乐于助人的好好先生，而今年，新吾所就读的各务台私立学园即将和当地有名的结姬私立女子学园合并，而包括新吾在内的数十名学生，则被预先送往女校习惯未来的学习生活。
