小智(松本梨花 配音)带着皮卡丘(大谷育江 配音),和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上,一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴(钉宫理惠 配音)的少女麦亚丽(中川翔子 配音)。胡巴能够制造出神奇的时空圆环,带领大家在不同的地点来回穿梭。
在寒冷的北海道旭川市某处,生活着以美人自居的大小姐九条樱子(伊藤静 配音)。除了有些自恋外,樱子还有用死尸骨头制作标本的怪癖,其对于验尸更有着较深的学识。
在一口关闭了30多年的枯井里,发现了高山龙须(Masada Hiroshi饰演)和失散多年的贞子(Ino Ryuki饰演)的尸体。根据法医鉴定,真子的死亡时间只有一两年,这意味着她在枯井下生活了三十年。