在艾伦和他的同伴居住的帕拉迪岛之外,还有一个其他人类居住的世界。其中一个国家“马雷”爆发了与其他国家的战争。在一场激烈的战斗中,他们决定进攻帕拉迪岛,夺取“祖先巨人”。在这里,我们看到了另一群为生存而挣扎的孩子。
柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕,绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。
郊外神社的神殿里,九位年轻武士在秘密开会,城代家老的外甥井坂(加山雄三饰)准备向大目付菊井求助整治内部问题。但外貌邋遢的武士椿三十郎(三船敏郎饰)出现,告诉他们菊井才是背后的黑手。