与此同时,一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面,柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时,柯南接到重亚昂(赤井水一饰)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相,柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船,并进入该设施。之后,在稳步准备系统启动的设施中,发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架,她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻,在八丈岛上的阿石原爱身边,也有一道黑影悄然靠近
大约三百年前的元禄十五年(1702年),第五代将军网吉实行安民政策,百姓生活平稳。年轻的武士青木宗左卫门(冈田准一饰)为了寻找杀父仇人金泽十兵卫(浅野忠信饰)远离家乡,从信州来到了江户。但他剑术差矣,实际上根本无法完成报仇。
21世纪。人类终于实现了与其他智慧生物的接触。但这次相遇并不是一件幸福的事情。从黑社会入侵的怪物使大多数现代武器失效,人类的命运就像风中的蜡烛。但在同样饱受黑社会之苦的精灵环境条约机构的帮助下,人类实现了复活游戏。这就是那个神奇的女孩。