《战国BASARA》中活跃的武将们，在现代高中再次展开了激烈的战斗：前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分，学园内群雄割据，为争夺新会长之位成为乱世。自从巨人出现，人类的和平与幻想破灭的那一天起，艾伦·耶格尔无休止的战斗就没有中断过。在没有任何抵抗的情况下，艾伦看着母亲成为巨人的诱饵，发誓要把巨人一个接一个地赶出这个世界。然而，在残酷的战斗中，他自己也变成了一个巨人。尽管有一点变化，但它将于今晚开始。
