在10年后东牧城爆发的“圣杯之战”中,由于被称为“圣杯战争”之一的关东家首领关东脏砚的参与,这场战争变得更加变形、扭曲和恶化。作为参与战斗的宫主,卫宫侍郎也受伤了,失去了英雄Saber。然而,为了保护小樱,侍郎并没有退出战斗。而为四郎的身体感到担忧的小樱,也逃不过魔术师自己的命运《战国BASARA》中活跃的武将们,在现代高中再次展开了激烈的战斗:前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分,学园内群雄割据,为争夺新会长之位成为乱世。