佐伯耕四郎（三宅健太 配音）有一个名叫小日向七夏（中村有岐 配音）的妹妹。因为幼年时兄妹两人的父母离婚，耕四郎和七夏就此分离，自此再也没有见过面。随着时间的推移，关于妹妹的回忆渐渐暗淡。
二十世纪初的日本太正时代，自明治维新以来的文明开化已进行了五十余年。 随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合，帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比，蒸汽铁道、地下铁道纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。
在很久以后的未来，地面已经被污染到无法生存的程度，人类开始朝地底开发，并创造人工生命体代为劳动，没想到人工生命体反抗了人类接管了地底世界，而因为过度污染与新型态的病毒感染，原已所剩无几的人类又减损了近30%的人口，此时的人类以基因改造获得了长生，相对的也面对了自此失去生育能力的窘境，创造新生命成为人类世界复苏的关键。为了找寻失落的基因密码──“繁衍”，人类望向了曾经开发的地底世界开启了探索任务，同时因学生人数骤减而被舞蹈教室裁员的碰太，参加了地底任务的征选成为了被派往地底的英雄，只身前往充满未知恐惧的地底世界，惊人的地底探险就此开始……
