2025年,从毁灭性的恐怖袭击导致的2020年东京奥运会终止开始,联合国控制了之前东京奥运会在东京湾边界的会址地区,并使之脱离了日本的管制。 17岁的冬月花是住在这片地区的一名高中生,但她的身份绝非普通,暗地里,她是联合国特殊部队的一员。花以一名转学生的身份被派往江之岛上的一所公立高中执行特殊任务。 她的目标是,七濑俊一,一个和她在一个班上的男生。 然而正当花准备与她的目标联系时,一个中年男子突然出现在学校并寻找俊一。与此同时情况直转而下,美国派出了特种部队到了这所学校来追捕那名中年男子。 当血滩扩散开来之时,另一名少女开始设法进入这个岛来打破现在的僵局。
与此同时,来自国外的红发学生明日香(宫村洋子配音)和玲博丽(林惠美配音)一分为二,以姐妹身份出现,给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外,原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型,取代了原作沉重严肃的氛围,描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计,搭配逼真的背景和2D拼接,创造出多样化的绘画风格。
故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中,高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源,某日,一位名为风见雄二(樱井孝宏 配音)的男生转学来到了这里,打破了此处维系多时的平衡,与此同时,雄二亦是学园中唯一的男性。