三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。
少女椿（松井良彦 配音）的母亲死于重病，没有亲戚愿意收留这个可怜的孩子，于是，椿跟随着卖花时结识的戴帽子的绅士来到了名为“赤猫座”的马戏团中，在这座破败荒芜的马戏团里进行表演的，都是一些或是残疾或是古怪的“异人”们，在这里，椿悲惨的遭到了他们的凌辱，沦为众人的奴隶，过着苦不堪言的生活。 马戏团里新来了一位能够将自己塞进狭窄玻璃瓶的侏儒魔术师，他的表演大受欢迎，很快就令快要倒闭的马戏团赚得盆满钵满，成为了老板眼中的聚宝盆。与此同时，椿和魔术师之间也产生了懵懂的感情，然而，就在两人决定双宿双飞之时，魔术师却遇见了意外一命呜呼。
