2010年,前小学生已经进入大学,太一、阿和等人走上了不同的人生道路(八神太一和石田大和将长大到22岁)。此时此刻,数字宝藏的研究人员Koji(松冈莫约配音)告诉他们,随着“被选中的孩子”长大,数字宝藏也会消失。故事发生在遥远的26世纪。外科医生伊德(克里斯托弗·沃尔茨克里斯托弗·沃尔兹饰)抱起一个只剩下头的机械女孩,把她带回家。她安装了最初为她死去的女儿准备的尸体,取名为Alita(罗莎·萨拉扎尔饰)。