新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
蔡穗(由华泽香菜配音)是一个普通的高中二年级女孩,过着平静而平凡的生活。有一天,蔡穗收到了一封神秘的信,10年后,发件人竟然是她自己。十年后,蔡穗声称自己的生命中有一个无法弥补的遗憾。为了弥补这一遗憾,她发出了这封穿越时空的信。