季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
TPU技术部门的特工3部门负责精英胜利队的装备开发，以及胜利鹰号和美国海军“纳斯蒂亚”号的维护。在间谍3班的主管Horita Masato身边，我的前同事Meite Dragon Star Maluru回来了！再次见面的两个人谈起了他们的过去。然后，Horita自豪地谈到了他的新发明
