故事的时间设定在西元2001年,由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略,正面临灭亡的危机,因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”,各个国家均派遣了专门人员参与其中,该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 (有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.)
这所高中的二年级学生黑濑惠子(荒木希卡鲁饰)在被小镇和家庭束缚时“刚刚”活着。四个孙子与患有痴呆症的祖母、寻求护理的母亲和患有戒断症状的哥哥住在一起。五年前离家的父亲失踪了。在这种情况下,没有未来的梦想。
之后,小五郎被捕。柯南发现安室多出现在爆炸现场并受伤。为了回报毛利叔叔的清白,柯南、阿里博士和少年侦探队的年轻同伴们组队调查现场并收集证据。随着调查的深入,柯南发现这起爆炸案隐藏了包括恐怖分子和公共安全在内的多方之间的复杂关系,真相更让所有人震惊。。。这部电影是“名侦探柯南系列”的第22部动画剧场版,总票房收入超过90亿日元。