北岛玛雅(胜生真沙子 配音)是一个各方面看都很普通的少女,她家境贫穷,和母亲蜗居在店铺街的小二楼里。可是,一旦站到了舞台上,玛雅就会绽放出耀眼的光芒。
在繁华的东京,一年一度的平安夜,所有明亮的灯光瞬间消失,一片完全的黑暗突然袭击了东京。在电影中,十二个男人和女人相继出现,每个人都表达了他们埋藏已久的想法。
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了,曾经,在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争,亦是因为这场战争,这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里,麦亚丽和哥哥巴尔扎(藤原龙也 配音)汇合了,让大家没有想到的是,巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中,封印被解开了,那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日,而它的真实身份,竟然是超胡巴(山寺宏一 配音)。