卧底探员李志杰身手不凡，调查贩毒集团主脑与职业杀手Eva成生死之交更与首领情妇Judy相恋，事业、爱情、友情令他作出最后的抉择……
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
有一天，一个名叫兰羽龙利（中岛爱配音）的年轻女孩和她的执事京成（小野自由配音）出现在玉马面前，提议利用玉马的“邪恶之石”的力量。尽管邪恶之石的力量强大，但很难控制，马云曾犯下命令他忏悔的错误。另一方面，蓝羽玻璃拥有“好石头”的力量，可以遏制和压制Yama的暴力行为。在Yama的不断恳求下，Yama终于决定走出过去的阴影，敞开心扉。他们两个必须面对的是一个被邪恶石头的力量改造的恶魔。
