与此同时，来自国外的红发学生明日香（宫村洋子配音）和玲博丽（林惠美配音）一分为二，以姐妹身份出现，给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外，原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，取代了原作沉重严肃的氛围，描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计，搭配逼真的背景和2D拼接，创造出多样化的绘画风格。
在这一天，温柔美丽的女孩万成木富美（高本配音）即将开始全新的高中生活。就在这时，一个熟悉的身影出现在她的视线中。这个名叫敖平明（吉本配音）的女孩实际上是一个青梅竹马的恋人，与富美分开了将近十年。
