故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生,学校不得不关闭,就在这时,九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。
此时,皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕,并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪,新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战,将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助,怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念,以副长·土方岁三小姓的身份,与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起,准备共同迎来身为新撰组一员的命运,但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们,为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。