渐渐地,人们开始把那些多次挑战这个大洞穴的冒险家称为“洞穴探险家”。孤儿Liko住在深渊周围建造的“Oss”镇。她梦想在未来成为一名像她母亲一样的伟大探险家,解开深渊的奥秘。有一天,她母亲丽莎的白笛被发现了,这让丽科下定决心要潜入深渊深处。她发现的失忆机器人Reg也决定和她一起寻找自己的记忆。在深王国的四楼,丽可被珍珠穿孔的毒药折磨着,而名为娜娜基的悲剧的结局救了她。Nanaki加入后,三人继续冒险,来到了Pendoldo所在的Deep Realm的五楼。在那里,他们遇到了一个自称普鲁西卡的女孩。在彭多尔多的抚养下,她对外界一无所知。普鲁西卡对利科的冒险故事深深着迷,并希望与他一起冒险,但不幸的是,她被彭多多里用来做实验。然而,后来普鲁西卡改变了她的形态,成为了利科的白笛,与她一起向深境“不归都”的第六关前进。有一个“悲剧结束的村庄”,有自己价值观的悲剧生活在这里。
「ニコニコ人生センター」という宗教的な団体に所属している3人は「孤島のプログラム」と呼ばれる無人島での共同生活を送り、「安住の地」へと旅立つ日に思いを馳せていた。メールで送られてくる「朝の瞑想」「昨晩見た夢の報告」「テレパシーの実験」といった指令を実行し、時折届くわずかな食料でギリギリの生活を送る3人。それらすべてが、性欲や過度な食欲、物欲といった俗世の汚れを浄化し「安住の地」へ出発するための修行なのだ。だが飢えとの闘い、突如現れた侵入者、ほんのわずかなほころびによって、3人の本能と欲望は徐々に暴かれていく。