在这个世界上,存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中,在那里,设立了名为“脑机能异常对策室”的机构,专门解决怪灵带来的危险和麻烦。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。