在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
在空地上,小夫(肝付兼太 配音)向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票,胖虎(立壁和也 配音)和静香(野村道子 配音)恳求小夫也带他们去。这时,大雄(小原乃梨子 配音)急匆匆跑了过来,哆啦A梦(大山信代 配音)已经三天没回家,小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上,哆啦A梦回来了,原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上,银河列车在后山停站了,大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅,车长(伊仓一恵 配音)总是笑嘻嘻,很有礼貌。另一边,神秘的生命体降落在了后山,是来自宇宙的寄居物,寄居物将自己附在人类的身体上,来操纵人的大脑,他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断,大雄在车厢外看到了一个忍者,小夫说看见了海盗,胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后,列车在一颗行星上停下了,而冒险这才刚刚开始……