经过一番激战，虽然纳兹等人消灭盗贼团的大多数成员，可是基斯还是在露西面前溜走。心灰意冷的众人回到总部，露西则意外在途中救助了神秘少女艾克蕾娅（远藤绫 配音）。失去记忆的艾克蕾娅手持半块凤凰石，她隐约记得要前往一座森林。纳兹他们决定出手相助，谁知在旅途中不断有敌人向他们袭来，而他们的目标便是那半块引来无数纷争的凤凰石…… 本片根据漫画家真岛浩的同名原著改编。
这些女孩被称为“女巫”，自古以来就一直处于攻势之中，利用她们隐藏的魔法与威胁人类生存的各种怪物作战。在由神奇女孩组成的机械化空中步兵的抵抗下，外星军最终撤退，这些女孩也成功撤退并分散在世界各地。其中一位是美丽的女孩宫户芳佳（由富原美里配音）。战争结束后，她回到了家乡扶桑王国，目标是成为一名优秀的医生。这一天，扶桑皇家海军学校的学生Shigeru Nobuyoshi（上田彩配音）前来参观，并邀请方家前往欧洲葡萄园公国学习。拥有绝技的美丽魔法女孩从四面八方再次聚集，开心地开着玩笑，却没有意识到不死的外星军队正在悄悄靠近
