庆应三年——幕末动乱时代。 由于将军德川庆喜的大政奉还，江户幕府濒临解体，幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组，在经历油小路事件后遭受重创，即使如此仍然决定向庆喜效忠。
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
就连高思自己关于动机的论述也在不断变化。为了弄清案件的真相，鹏章拜访了死者的妻子江美津（由斋藤由纪饰演），江美津的奇怪态度进一步加深了鹏章的疑虑。Sakuyakawa（广濑玲饰演）是死者的女儿，她的出现最终为此案提供了线索。然而，这种线索将案件的整个真相引向了另一条道路。
