由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。 她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。 SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。 与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。 以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。 追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。
已经担任过警察的浅沙俊平（北村一宏饰演）回到母校帝国大学，邀请12岁的同学福山康树协助破案。汤川和他的团队抵达犯罪现场附近，一边欣赏海滩风光，一边寻找案件线索。随着谋杀案调查的进展，只想还原案件物理原理的汤川逐渐接近案件真相。然而，在这个时候，他还没有意识到人类的心脏也是一门科学。。。影片中还穿插了唐川和曹绍的故事。在海风的吹拂下，格拉斯·剃刀向Yukawa的学生Yano Valley（由长泽安美饰演）讲述了一个故事，讲述了他在大二时与年轻的Yukawi（由三浦晴饰演）结成搭档的故事。。。SP改编自系列小说《操纵》和《堕落》中的两个故事，与剧场版《嫌疑人X的牺牲》同日上映。
故事发生在时空的未来，狗流感的爆发导致市长（野村配音）颁布了一项狗流放法，将城市中的所有狗都安置在一个“垃圾岛”上，并允许它们自己生存，市长的护卫犬点点（Levy Schreiber饰演）首当其冲。
