为了救神谷秀吉(武井佐纪饰演),神村健信(佐藤健二饰演)跳入海中,在昏迷中漂流到一个小岛上。最终,他的主人Hideyoshi Higuchi(福山康介饰演)救了他,Hideyohi Higuchi教他飞剑流。故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天,東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一,如常地用手按停眼前的鬧鐘,踢開混亂的被鋪,低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾,光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。