扭动和转身，“八尺大师”，“月色车站”……作为一个真正的神话流传下来的危险存在于闹鬼的“内心世界”中。有一个世界与现实相邻，充满了神秘。纸月空鱼通过废弃房屋的门发现了“内心世界”，并在那里遇到了仁科鸟。这次遭遇改变了这条空鱼的生活。
明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。
镇心镇的青少年年满10岁后，即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi（松本丽香配音）的10岁男孩，以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到，差点失去了挑选神奇宝贝的资格。
