战国时期，秦王应徵（李雪健饰演）实现了统一世界的伟大目标。当时，燕国完全听命于应徵。为了帮助他尽快完成统一的霸权，赵姬（巩俐饰演）提出了一个计划，在燕国诬蔑策动刺杀应政。因此，秦国有机会派兵进攻燕国，为燕国不战而降的可能性而战。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
