16世纪末4月的一天，在暴雨下，一代名人的生活在京都一座不起眼的豪宅里即将结束。房子的主人是享誉世界的茶道大师千里修（由石川海老仓饰演）。回顾过去，他在战国时代的混乱时期受到小田信长（Isegawa Yosuke饰演）的赏识，并曾利用自己的影响力拯救垂死的河内秀吉（Tomoto Ohmori饰演）。英雄的霸权消散了，秀吉成为了新一代的英雄，但逐渐对李修对美的不妥协追求和对权力的冷漠蔑视感到不满。本不该有交集的两人之间的裂痕似乎扩大了，这也注定了立秀的悲剧。生活即将过去，在妻子宗恩（中盖美治饰演）的陪伴和询问下，李修回忆起过去的岁月，以及他年轻时难忘的、命运攸关的爱情故事
内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
