这一天，一个女孩拿着一把太刀剪刀出现在本能性格学校的门口。她的名字叫诺六子（小泉雅美配音），她来到这个危险的地方是为了调查杀害她父亲的真凶。没想到，在她抵达后不久，就遭到了德川家康（德川稻田配音）、杉山漩涡（Keiyama Xiu配音）等学生会四大天王的阻挠。关键时刻，菊六子竟然收到了父亲亲手制作的黑色神衣，战斗力大增。本能性格学院展开了一系列激烈的战斗
1989年，日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后，迪欧复活了。与此同时，约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力，而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲，并陷入了危急状态；为了救他垂死的母亲，成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
