故事发生在《哥斯拉2:怪物之王》中,哥斯拉与泰坦怪物之间令人震惊的战斗使旧金山变得平坦,并证实了怪物的存在。凯特再一次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁,她开始了一场全球冒险,以了解她的家人和神秘组织“皇帝”的真相。
瓜川节度使李怀让痛失爱女,不堪忍受思念之苦,于是招来画师桑子明为其女画像。在作画期间,桑子明便已经遭遇了种种诡异的事件,但是艺高人胆大的他并没有将这一切当一回事。
谷宫奈奈香(由夏川Spine Vegetables配音)跟随父亲回到了他的家乡磁盘街,奈奈香在那里遇到了他以前的玩伴。性格内向、沉默寡言的细川博史(小松美加子配音)、活泼开朗的看板女孩小千原克纯(和村遥配音)、不屑的水坂由纪(丰崎爱生配音)和她的哥哥水坂加田(石川真司配音)。当失去的记忆再次被铭记,当告别的朋友团聚时,命运的齿轮开始转动。