小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学，正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续，但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角！而景子竟然成为了直太家族的仆人，进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
身心疲劳或痛苦，尽管程度因人而异，但大多数人都会遭受这种痛苦。当它积累到无法自行恢复的地步时，难以承受的沉重压力会导致一个人的思想“遭受挫折”。然而，有一群肉眼看不见的女性群体，正忙于从外部注入“能量”，以防止出现意外情况。
在他以前的朋友海斗（细谷正雄配音）的帮助下，永井惠踏上了无尽的逃亡之旅。在路上，永井惠遇到了佐藤（由大冢芳中配音），佐藤也是一名亚洲人。佐藤想让长井惠加入他秘密组建的亚洲组合，但敏感的长井惠发现了佐藤隐藏的真实面目和目的。亚洲人一直受到政府的迫害和残酷研究，因此佐藤试图通过一系列恐怖袭击重新获得他们的权利。长井惠在他的领导下叛逃到亚洲管理委员会的大崎（由樱井隆弘配音），与强大的佐藤对抗。一场充满硝烟和鲜血的战争即将在亚洲人和人类之间开始。
