松田启人(津村真琴 配音)是一个热爱幻想的五年级男生,一次偶然中,启人捡到了一张神奇的卡片,这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界,在那里,启人遇见了基尔兽,此时的他并不知道,基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。
某日,小新(矢岛晶子 配音)在河堤上捡到了一瓶神秘的液体,把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)在无意之中将其喝下,隔天竟然变异成为了动物。
在新赛季,当三运队参加B级战斗以晋级A级并选拔远征军时,它受到了近世界最大军事国家阿富特克拉的命令,其附属国家加洛普拉出现并对其总部发动了快速进攻。最高机密召集的边境精锐部队的交战拉开了帷幕。