面对即将展开的崭新的高中生活,个性活泼开朗的元气少女保登心爱(佐仓绫音 配音)心中充满了憧憬与喜悦,新的城市,新的环境,会有怎样有趣的故事在这里发生呢? 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路,误打误撞之中,她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中,在这里,心爱结识了名叫香风智乃(水濑祈 配音)的神秘少女,这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来,这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地,在这里,她将以半工半读的形式度过她的高中三年,在此过程中,心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面,亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
U.在C.0097年期间,“拉普拉斯事件”的争端结束后,戈达德号这两只独角兽被秘密封存,新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际,失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。