然而，由于担心长期战争会导致国力下降，女神们最终缔结了一项“友谊条约”，禁止使用武力争夺份额。就这样，游戏行业进入了一个新的未来，四个国家的女神和候补姐妹也开始了新的生活。
这是米斯塔希亚的神秘世界，各种各样的“人类”、“神”和“恶魔”混合在一起。巴哈穆特的复活使世界免于崩溃，10年后，新的“人之王”袭击了“上帝圣殿”，占领了“魔鬼王国”。从毁灭的边缘复兴和进一步发展给“人民”带来了财富。
为了给妹妹报仇，Heya进入了一所名为Denitix Academy的专门学校，该学校训练战士对抗外星实体。在学院里，学生被分为两类：潘多拉和支配者。就这样，Kazuya遇到了一群身体虚弱但异常强壮的女孩。其中，被称为最强潘多拉的夏蒂莱萨（由奈登美子配音）最让卡祖亚感到担忧。一次偶然的机会，Kazuya出乎意料地与她搭档。此外，还有甘妮莎（Hidamura秀吉配音）和神秘的西藏转学生拉娜·林琴（Huaze Caraway配音）这样骄傲温柔的女性。在战斗和学习的过程中，Kazuya下定决心揭开她姐姐的死亡之谜。
