为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量,玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森,并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失,被封印上百年的力量开始复活,玛瑙丸变得愈加强大。与此同时,玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴,使犬夜叉一方陷入苦战;另一方面,戈薇的意识被玛瑙丸控制,她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印,之后更被桔梗推入枯井,穿越时空回到了现代……
自幼在森林里长大的男孩卡内奇跟随抚养他的爷爷生活,他得到爷爷真传,性格单纯,武功高强,加上同样身世不明的女孩嘉惠以及狼族好哥们儿福利霸,卡内奇的生活无忧无虑。
作品以日本著名推理小说家江户川乱步的诸多名作为原案,将乱步的幻想世界观与现代的舞台相结合。动画讲述在某所中学发生了教师被杀事件。就读于这所学校的少年小林,与前来搜查事件的天才侦探明智相遇。