地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
在不久的将来，东京将成立两个主要组织来夺取“最强武器”：旨在开发最强武器的制导重工业和操纵遗传因素创造优秀人类的NSWF。他们的共同目标是获得终极武器“WITCHBLADE”，该武器拥有最强的力量，只能由选定的女性操纵。地震发生六年后。。。
