游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
然而，平良那如同信仰的"偏爱"并未改变，希望他靠近时他却退缩，希望他后退时对方却又猛地强势告白，让美丽而骄傲的清居国王烦恼不已。 另一方面，平良有了一个新的爱好，那就是为了不被清居发现而乔装起来，狂热地追随在清居的身后。 为了不给清居添麻烦，孤独地、悄悄地注视着他，而在此时，因为某个契机，有了一起追星的同伴...？ 大学毕业逐渐临近，同学们的生活开始以找工作为中心，此时没有打工经验的平良有了一个烦恼... 随着学生生活的结束，在将要步入社会的关口，平良和清居选择的道路会是——
突如其来的狂风暴雨将灵界彻底淹没，小阎王决定留守其中，最终下落不明。他在最后托付牡丹前往人间寻找幽助，而牡丹来到人间后也筋疲力尽，身负重伤。从灵界的引路人白石的口中得知，这一切都是由冥界而起。
