天之川学园高中来了一位理飞机头并穿短袍的奇怪转校生，他的名字是如月弦太朗，有着“和全校同学成为朋友”的远大目标。初到校的弦太朗结识了神秘少年歌星贤吾，并再次遇见青梅竹马城岛有希。 同一时刻，校园里出现了Zodiarts怪人。
命运中的相遇出现了，小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是，这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi（由加藤英美配音），并提出了一个特殊的要求，希望小圆能与它签约，成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在，肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励，丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中，小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽，而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级，关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。
