在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
为了报答自己的罪过，挽回失去的一切，兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后，一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
权田的女儿美丽（石川美奈饰演）向七丸等人提出挑战，如果她能在即将到来的女子垒球比赛中赢得美丽所属的三田原北极星学院，就要废除土地再开发计划。齐丸不假思索地接受了挑战，但圣地亚哥的北极星学院是高中垒球联盟中最强的球队。它怎么会轻易被击败？为了保卫竹森公园，岛町的女孩们聚集在竹森第二女子商业高中的垒球队，向一个不可能的目标发起进攻
