受到突如其来的怪兽袭击,地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望,由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。 与此同时,因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。
命运中的相遇出现了,小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是,这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi(由加藤英美配音),并提出了一个特殊的要求,希望小圆能与它签约,成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在,肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励,丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中,小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽,而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级,关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。