多佩玛告诉小新,自己被邪恶的乔奇莉诺(室井深雪 配音)施下了诅咒只能在晚上现身,而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧(大冢芳忠 配音)和裘马(田中秀幸 配音)两人的老巢,而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。 害怕的小新并没有答应帮助多佩玛,第二天,幼稚园新来了一位名叫雪人(古川登志夫 配音)的老师,而雪人来这里的唯一目的,就是夺回小新的扑克牌。很快,笑眯眯胖乎乎的雪人就取得了广志和美伢的信任,并下药将他们迷倒。在这千钧一发之际,小新念出了多佩玛教给他的召唤咒语,打败了雪人。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华,与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技,希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界,弟弟阿尔冯斯修行炼金术,打扮宛若曾经的爱德华,与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中,慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式,连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起,爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。