Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
所有的人都希望在彼得武的电影里出演角色，他们趋之若鹜，疯狂至极。 某天，一个龙套演员（寺岛进 饰）向彼得武推荐一个志愿者，这个染着黄毛、衣着光鲜且表情木讷的家伙竟然和彼得武的容貌一模一样。彼得武甚感好奇，于是接纳了这个名叫北野（北野武 饰）的便利店员。但自此之后，彼得武和北野便仿佛堕入一个混乱的噩梦之中，他们之间的界限渐次模糊……
然而，由于贵族之间的复杂考虑，从子和智典殿下进行了家庭婚姻。直到这时，青仙才意识到他对聪子的爱是无法自拔的。通过各种手段，两人得以偷偷偷走对方，但正是这样的行为导致这对夫妇陷入了绝望和痛苦的爱情，无法自拔。在对方的未婚妻聪子怀孕后，真相无法隐藏，他们走向了爱情的终点。
